基于Z曲线方法重新注释脑膜炎奈瑟菌MC58株基因组

已测序的微生物基因组中包含的注释开放阅读框(open reading frames,ORFs)可以分为两大类:第一类对应于功能已知的蛋白质编码基因;第二类则为功能未知的假设ORFs,其中通常有一部分实际上不编码蛋白质。采用基于Z曲线的方法从属于第一类的功能已知基因出发训练参数,进而确定第二类ORFs中非编码的部分。通过支持向量机的学习及分类,结果显示十重交叉检验平均正确率为98.45%,说明Z曲线联合支持向量机是一种高度准确的基因识别方法。最终,确定216个假设ORFs实际上不编码蛋白质。通过采用Blastp进行序列比对,保留的假设ORFs中有341个在高可靠性的条件下获得了功能信息。根据蛋白质直系同源簇方法进行功能分类,分别有30、53、59和159个新注释的假设ORFs属于信息储存和加工类、细胞加工和信号传递类、新陈代谢类和特征不明显类。另外还有70个不属于其中的任何一类。注释结果比RefSeq及GenBank提供的原注释更加准确,更加完整。     

一种QRS波群实时检测方法

结合模板匹配和改进的导数阈值法,提出了一种QRS波群实时检测方法CT2(combination method of template matching and improved derivative threshold)。首先,预采集一段ECG信号,使用高斯函数构造QRS模板;然后将实时采集的ECG信号使用CT2检测R波位置。为了比较算法检测精度和效率,使用CT2和基于小波模极大值的方法进行了对比。结果表明,CT2检测精度与基于小波模极大值的方法相当,但运算时间大大缩短,适于实时检测。     

镉胁迫对拟南芥的毒害作用及自噬现象的观测

镉离子(Cd2+)具有强植物毒性,可抑制植物生长,甚至导致植物死亡。为了研究重金属镉对拟南芥的毒害作用,采用叶绿素荧光技术、流式细胞技术、激光共聚焦技术及半定量RT-PCR技术,检测光合参数的变化、活性氧(reactive oxygen species,ROS)的累积、自噬的发生,以及病原相关蛋白(pathogenesis-related protein,PR)基因表达的变化。实验结果显示,随着50μmol/L CdCl2处理时间的延长,ROS和Cd2+在细胞中大量积累。而在镉胁迫的初期,会观察到自噬的发生及PR基因表达的变化。说明植物受到外界Cd2+作用的初期,会通过自噬及增强PR基因表达来抵抗外界胁迫。但随着处理时间的延长,植物细胞内累积了大量的ROS和Cd2+,当植物不足以通过自噬途径抵抗胁迫时,就会导致生长受阻,最终对光合系统造成损伤。     

敲减MC4R表达对牛胎儿成纤维细胞CMS系统关键因子的影响

为获得敲减黑素皮质素4受体（melanocortin 4 receptor,MC4R）基因的牛胎儿成纤维细胞,并探讨其在能量平衡神经调节系统中的作用,将构建成功并已鉴定为有效序列的短发夹状RNA (short hairpin RNA, shRNA)真核表达载体pGSH1 GFP MC4R,利用阳离子脂质体转染牛胎儿成纤维细胞并使用G418筛选稳定转染细胞株.利用实时荧光定量和Western印迹检测MC4R及中枢黑素皮质素系统(central melanocortin system, CMS)关键因子的表达水平变化.结果表明,在稳定转染的牛胎儿成纤维细胞系中, MC4R表达显著抑制,瘦蛋白(leptin)和阿黑色素原(POMC)表达下调,黑素皮质素拮抗物agouti相关蛋白(AGRP)和MC3R表达上调,而神经肽Y (NPY)表达无明显改变.综上所述,本研究成功获得了敲减MC4R基因表达的牛胎儿成纤维细胞.相关基因表达水平检测结果提示, MC4R的表达水平对CMS系统中的各关键基因的表达有不同的抑制或促进影响.     

Comparison of Influenza Outbreaks in the Republic of Kazakhstan and Russia Induced by 2009 Yearly New Variant of А(H1N1) Influenza Virus

The aim of the work is the comparison of the epidemiology of influenza and acute respiratory virus infections (ARVI) in the Republic of Kazakhstan with the corresponding influenza epidemic in Russia induced by influenza pandemic virus A/California/07/2009 in 2009.Data on influenza and ARVI from the Republic of Kazakhstan and Federal Center of influenza was collected and investigated over the course of several weeks from hospitalized patients with the same diagnosis among all population and in age groups on ...     

胡瓜钝绥螨对日光大棚茄子上烟粉虱的控制作用

为了评价胡瓜钝绥螨在我国日光大棚中对茄子上烟粉虱虱的控制作用。笔者研究了在24～34℃下胡瓜钝绥螨以烟粉为猎物时的发育历期,并在我国山东省寿光市的蔬菜基地上开展了利用胡瓜钝绥螨控制日光大棚茄子上烟粉虱的研究与应用。结果表明:胡瓜钝绥螨能够取食烟粉虱的卵、成虫、若虫及伪蛹;利用胡瓜钝绥螨能有效地控制烟粉虱成虫、卵、若虫种群数量的增长。根据胡瓜钝绥螨和烟粉虱的生物学特性,结合大棚茄子栽培过程中的环境条件,笔者提出了在日光大棚中应用胡瓜钝绥螨控制茄子上烟粉虱的策略:(1)在茄子的整个生长季节(250d)中需释放胡瓜钝绥螨4～6次,苗期每次每株释放5～10头,结果期每次每株释放20～40头;(2)释放胡瓜钝绥螨的生防区比常规化防区减少农药使用18次;(3)安装防虫网、适时释放胡瓜钝绥螨是生防成功之关键,生防区配合使用黄板效果更好。     

A research agenda for malaria eradication: basic science and enabling technologies

Today's malaria control efforts are limited by our incomplete understanding of the biology of Plasmodium and of the complex relationships between human populations and the multiple species of mosquito and parasite. Research priorities include the development of in vitro culture systems for the complete life cycle of P. falciparum and P. vivax and the development of an appropriate liver culture system to study hepatic stages. In addition, genetic technologies for the manipulation of Plasmodium need to be improved, the entire parasite metabolome needs to be characterized to identify new druggable targets, and improved information systems for monitoring the changes in epidemiology, pathology, and host-parasite-vector interactions as a result of intensified control need to be established to bridge the gap between bench, preclinical, clinical, and population-based sciences.     

Junker: An Intergenic Explorer for Bacterial Genomes

In the past few decades, scientists from all over the world have taken a keen interest in novel functional units such as small regulatory RNAs, small open reading frames, pseudogenes, transposons, integrase binding attB/attP sites, repeat elements within the bacterial intergenic regions (IGRs) and in the analysis of those junk regions for ge- nomic complexity. Here we have developed a web server, named Junker, to facilitate the in-depth analysis of IGRs for examining their length distribution, four-quadrant...     

EV71灭活疫苗（人二倍体细胞）在恒河猴婴猴模型中的免疫保护性分析

肠道病毒71型作为引起儿童群体常见传染性手足口病（HFMD）的主要病原,具有导致少量感染个体出现脑炎等神经系统病变以及相关心肺功能衰竭的病理学特性．因此其预防性疫苗的研发具有重要的公共卫生意义．在前期工作的基础上,一种EV71灭活病毒疫苗（人二倍体细胞）在本研究中基于恒河猴婴猴模型进行了相应的免疫保护性分析．以160EU剂量对2～3月龄婴猴进行0,4周免疫后,动物在第4周接受了剂量为10。～CCID50的病毒经呼吸道的攻击．对病毒攻击后动物在14天内的临床症状、血液生物学、器官病原学分布以及病理学检测的动态观察表明,经疫苗免疫的动物未出现对照动物所具有的特征性临床表现,其血液生物学及病理学检测均无异常．同时,器官病原学分布亦呈阴性．结合动物中和抗体的明确增长及对照动物的综合表现分析,本文的工作证实了该EV71灭活病毒疫苗（人二倍体细胞）在恒河猴婴猴体内的免疫保护性．     

4-氨基吡啶敏感钾通道对神经自发放电节律转迁历程的调节作用

为进一步研究损伤神经放电节律的分岔转迁规律,以实验性神经起步点模型为研究对象,在联合改变胞外的钙离子和钾离子浓度的条件下,记录神经单纤维的放电节律转迁方式。选取4-氨基吡啶(4-aminopyridine,4-AP)作为条件参数,Ca2+浓度作为分岔参数,观察了实验性神经起步点自发放电节律的分岔规律。28例实验结果中,有21例神经对本文所取的条件参数变化不敏感,7例实验性神经起步点的自发放电节律会在不同的条件参数下出现不同类型的分岔序列结构。在不同的4-AP浓度下,随着Ca2+浓度的降低,同一实验性神经起步点会表现出不同的放电节律模式的分岔序列,不同实验性神经起步点,双参数分岔序列是不同的。以上结果说明,不同参数配置下的神经放电节律的变化规律是不同的,而且分岔序列结构是认识放电节律转迁规律的基础。